INSTALACIÓN DE FLASH

EN COMPUTADORA PERSONAL

1. Registrarse en la Universidad de Chicago: FLASH

2. Luego, se enviará por mail la aceptación y se podrá bajar el código: FLASH

3. Descomprimir el tar.gz bajado en el lugar donde se va a querer trabajar.

4. Instalar fortran, c, mpif90. Para éste último, instalar mpich.

5. Flash necesita la librería hdf5 1.8.12. Instalación como root: bajar, descomprimir, y hacer

./configure --prefix=/usr/local/hdf5
make
make install

EN LOS CLUSTERS

1. Ya está instalado. Sólo levantar los módulos que se detallan en la sección “Uso de Flash”

USO DE FLASH

Manual de usuario: manual de FLASH

1. El Makefile.h que usa para compilar el programa está en: /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/Prototypes/Linux Allí hay varios ejemplos de makefiles. Para nuestro ejemplo utilizaremos un makefile que llamaremos Makefile.h.escogido. Iremos a la carpeta “site”.

cd /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/

Ejecutar el siguiente comando.

mkdir $HOSTNAME

Eso creará una carpeta que se llama como el nombre de la maquina en /sites. Copiar en esa carpeta el Makefile.h.elegido. Renombrar este archivo a Makefile.h.

cd /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/Prototypes/Linux/
cp Makefile.h.elegido /lugardeinstalacion/FLASHX.X/sites/Makefile.h

2. Módulos a cargar en las diferentes máquinas:

clemente:

module load gcc
module load openmpi
module load hypre
module load hdf5
module load flash

mulatona (mulatona.ccad.unc.edu.ar)

module load gcc/7
module load flash/4.4

mendieta (mendieta.ccad.unc.edu.ar)

module load flash/4.5

3. Cómo compilar el programa: En /lugardeinstalacion/FLASHX.X/./setup magnetoHD/proyecto -auto -parfile=flash.par +usm threadBlockList=True -objdir=object -site=clemente -2d -maxblocks=5000 -nxb=20 -nyb=10

parfile: archivo de parámetros
+usm: se activa el Unsplit Staggered Method. Este metodo evalua los campos en las caras, para hacer una correcta limpieza de los monopolos magnéticos.
threadBlockList:
-objdir: directorio donde se crearán los objetos para compilar
-site: nombre de la máquina donde se correrá. Si no se pone nada, por default es la máquina donde estamos
-2d: corrida bidimensional
maxblocks: número máximo de bloques permitidos
nxb, nyb: número de celdas por bloque.

Luego compilar haciendo:

cd /lugardeinstalacion/FLASHX.X/object/
make -j 16

4. Cómo correr el programa

a) Máquinas con trabajos en cola → clemente, mulatona (uso exclusivo del IATE) y mendieta (cluster UNC) Para correr el programa, usar los diferentes script según la maquina . Se deben copiar los submit_job_maquina.sh en las carpetas donde se crean los objetos de la compilación. Luego correrlos con: sbatch submit_job_maquina.sh

Tips: antes de correr verificar los cores y nodos disponibles:

Tutorial de Slurm

b) Para correr en las máquinas sin trabajos en cola:

cd /lugardeinstalacion/FLASHX.X/object/
mpirun -np 8 ./flash4